あらすじ
秘封倶楽部との野外活動の帰り、霖之助は路上でニャモナナ：クロリアという名前の魔法少女を助け出す。すると、ニャモナナは初めて自分に好意を抱いてくれた霖之助に懐き、彼との間に「夫婦の契約」を結んだことにより、霖之助は決して彼女から離れることができなくなる。一方、ニャモナナは他の世界から来た数々の敵対的な魔法少女を殺すか、生け捕りのまま無残な姿で使い魔の「製造機」にすることで、常に報復や憎悪の的となっている。そこで、霖之助は秘封倶楽部の二人を巻き込むまいとニャモナナを連れて旅立つが、結局のところ京都を出る前に彼女らと出くわす。ニャモナナは他人が霖之助に接触することすら許さず、彼女らを殺そうとするが、必死に庇う霖之助の姿を見て考えを変え始め、蓮子たちは殺されずに済む。
その後、岐阜まで辿り着いた霖之助たちは魔法少女の姿をした少年と戦闘する。その最中、ニャモナナを庇った霖之助は少年の攻撃を受けるが、気付くと彼は京都の伏見にいた。そこでは魔法少女たちが人々を無差別に巻き込んで融合したことによって生まれた怪物が闊歩しており、怪物はニャモナナの弱体化を狙って霖之助を殺しにかかる。霖之助はニャモナナによって助かり、怪物も倒されるが、そこで秘封倶楽部の二人もまた怪物の一部となって死んだことを知り、二人を埋葬する。
そして、怪物との戦いで重傷を負ったニャモナナを背負い、血にまみれて壊滅した京都を徘徊する霖之助は、街の中で唯一元の姿を保っている骨董品店を見つけて訪れ、そこで「リンフォン」の回に登場した店主と再会する。そして、店主は魔法少女たちについて説明を始め、これまでに敵として現れた魔法少女たちは様々な世界の危険因子で、異世界を行き来する力に目覚める恐れがあったと話す。また、ニャモナナは彼女らから憎まれることを運命付けられながらも、決して敗北することがないと決まっており、彼女たちをすべて処分するためのカウンターだったことが明かされる。そこで、ニャモナナの強さが霖之助の存在によって成立していたことを告げた店主は、最後にニャモナナを始末するために霖之助に向けて銃を発砲する。
店主に殺害されたはずの霖之助は元通りの日常に戻され、冒頭と同じ秘封倶楽部との野外活動に出向くが、その帰りに満身創痍のニャモナナと再会する。200年かけてすべてを犠牲にしながらも霖之助を探し求めてきたと話す彼女を前に、彼はかつての記憶を取り戻すが、その最中に彼女は殺害され、霖之助もまたその記憶を何者かに消し去られる。気付くと公園のベンチに座っていた彼は、ポケットの中からかつてニャモナナに贈られた赤黒い宝石を見つけるが、骨董品店の店主に聞いてもそれが何か分からない一方、なぜか手放す気にもなれない。結局、それ以上の詮索はやめて店主と雑談し始め、物語は幕を閉じる。
